Jeune fille, Polyxena de Lobkowicz se marie avec le puissant Guillaume de Rosenberg, qui était cependant malade et stérile. Après la mort de son époux, elle hérite d’un bien important dans le cadre de l’héritage qu’elle partage avec son beau-frère Petr Vok. Elle soutient alors ses parents pauvres de la famille des Pernštejn. Polyxena reprend ensuite elle-même la gestion des domaines de Roudnice et de Litomyšl. Après la mort de son frère, Jan de Pernštejn, en 1597, elle prend ses enfants à sa charge. Elle devient une personne très appréciée et jouit d'une notoriété grandissante, notamment pour sa foi catholique.
En 1603, elle
épouse le premier chancelier Lobkowicz, alors à la tête de la noblesse catholique et partisan fidèle de la candidature de Ferdinand II à la couronne du Saint Empire. En 1618, Polyxena offre l’asile dans sa maison praguoise à une victime de la deuxième défenestration de Prague. Elle s'illustre en tant que grande protectrice de différents instituts, et rassemble tous les biens de la noblesse après leur confiscation. Elle invite les Jésuites sur ses terres afin qu’ils y propagent la foi catholique. En 1628, elle offrit aux carmélites de l’église de Notre-Dame de la Victoire la petite statue du célèbre Enfant Jésus de Prague.
