Hoch gebildeter Erzbischof und persönlicher Freund Wenzels IV., der ihn auch zum höchsten Kanzler des Landes ernannte.
Man geht davon aus, dass der grundsätzliche Umbruch im Leben des Erzbischofs im Jahr 1380 stattfand, in dem er angeblich die "Pest" überlebte; wahrscheinlich handelte es sich jedoch um eine auf eine Gehirnhautentzündung zurückzuführende Epilepsie, die zu einer radikalen Veränderung seiner Persönlichkeit führte. Aus dem vormals weltlich orientierten und eleganten Geistlichen wurde ein intoleranter strenger Asket, der in bestimmten Dingen jegliche Diskussion ablehnte.
Johann von Jenstein begann danach, eine Selbstverwaltung durchzusetzen und sah darin eine Lösung für die ganze tschechische Gesellschaft, was fatale Folgen nach sich zog. Der Hochadel unterstützte den Erzbischof, um durch seine Person ihren eigenen Machtkampf gegen den König auszutragen.
Aus ehemaligen Freunden wurden unversöhnliche Feinde, und die Situation eskalierte so weit, dass das Erzbischoftum begann, eine eigene Außenpolitk zu führen, was für den König nicht akzeptabel war (Jenstein unterstützte den römischen Papst gegen den von Avignon, während der König neutral bleiben wollte).
Im Laufe der 80. Jahre spitzte sich der Streit zu und eskalierte in den Jahren 1392-93, als der Generalvikar und Anhänger des Erzbischofs, Johannes Nepomuk den Märtyrertod starb. Johann von Jenstein beschwerte sich beim Papst in Rom, der war jedoch realistisch und war sich dessen bewusst, dass er die Unterstützung des böhmischen Königs benötigte und erhörte ihn deshalb nicht. Zum Schluss stellte sich gegen den unversöhnlichen Erzbischof sogar sein eigenes Kapitel, so dass dieser schließlich im Jahr 1396 resignieren musste. Er starb allein und gebrochen in Rom.
