Císař Karel IV. udělil malostranským augustiniánům z kláštera Sv. Tomáše právo vařit pivo. Ti zde roku 1352 také založili pivovar. Nejprve vařili pivo pouze pro potřebu kláštera, ale zakrátko zásobovali svou produkcí celou čtvrť. Původně dřevěná stavba pivovaru prošla v průběhu času nesčetnými přestavbami.
Roku 1420 během husitských bouří byl rozvášněným davem prakticky srovnán se zemí. Šťastnější období přinesla vláda císaře Rudolfa II., kdy se malostranský pivovar stal výsadním dodavatelem piva pro císařský dvůr. Koncem 19. století se pivovarská hospoda stala oblíbeným místem setkávání umělecké bohémy.
